Ho risolto  appena ho 2 minuti posto la soluzione
Allora il mio problema nasceva dal fatto che il mio file.xml non aveva un formato standard. Quindi quando eseguivo Dataset.LoadXml(file.xml) il messaggio d'errore restituito era caratteri non validi nel file.
Per aggirare il problema ho utilizzato la XmlDocument , ecco il codice:
 
//QUERY AL DB PER REPERIRE L'XML DEL MENU UTENTE 
                String strcnt = @"Integrated Security=SSPI;Persist Security Info=False;Initial Catalog=appo;Data Source=G4ZZ\SQLEXPRESS"; 
                string sql = "SELECT Menu_Xml FROM Menu.Menu WHERE Menu_Codutente= 'B55FB3A8-036C-4C46-A951-013D8F1D028C' "; 
                SqlConnection conn = new SqlConnection(strcnt); 
                SqlDataAdapter da = new SqlDataAdapter(sql, conn); 
                //INSERIMENTO DATI NEL DATATABLE 
                DataTable dt = new DataTable("XML"); 
                da.Fill(dt); 
                DataRow row = dt.Rows[0]; 
                //PREPARO L' XML D'APPOGGIO 
                XmlDocument xmlDefault = new XmlDocument(); 
                xmlDefault.LoadXml(row[0].ToString()); 
 

In questo modo posso lavorare sul XmlDocument utilizzando tutti i metodi che concede per l'elaborazione del file. Una volta terminata l'elaborazione è sufficiente sovrascrivere il file tramite la Load o semplicemente eseguendo una UPDATE per aggiornare il DB con il nuovo xml

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