Hai controllato il riciclo del pool?
L'app è sempre in esecuzione o dopo tot tempo di inattività il processo si interrompe?
E' pubblicata su un server virtuale/dedicato o hosting?

Da quello che vedo hai attivato che quando viene eseguito un riciclo del pool viene scritto un record nel registro degli eventi.
Quindi dovresti accedere al log e verificare se e quando si verifica questo.

Quando un pool viene riciclato vuol dire anche che il processo viene riavviato e da questo potrebbe dipendere la lentezza.

Poi una volta attivita il processo nello startup cosa fai? ci sono delle operazioni che potrebbero essere un pò lente da attivare?

Nel riciclo del pool hai una impostazione che il reciclo per default viene fatto ogni 1740 minuti.

Io di solito i pool per le applicazioni web e quindi anche ecommerce li imposto che sono always running e imposto il riciclo del pool non a intervalli di minuti ma in un oriario fisso, tipo durante la notte.

Prova in questo modo. Se hai ancora dei problemi non dipende a questo punto dal riciclo nè per tempo nè per memoria ma dovresti indagare sul codice e verificare se hai delle procedure che potrebbero andare ad esempio in loop o in sovraccarico.
Guarda quello che hai personalizzato nel cms...