Ciao Stefano,
penso di non aver capito la domanda. Di quali riferimenti si tratta?
In un file .sln sono contenuti i riferimenti ai file .csproj di ogni singolo progetto.
Poi, i file .csproj contengono riferimenti a file di codice e di contenuto.
Quando compili, i riferimenti non vengono alterati in alcun modo da Visual Studio ma viene generata una directory bin in cui trovi ulteriori sottodirectory Debug e/o Release contenenti l'output della compilazione.

Eventualmente posta il link ad uno o più screenshot che possano aiutare a capire il problema.

ciao,
Moreno

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Modificato da BrightSoul il 02 maggio 2018 13.42 -

Ciao Stefano,
dunque... non conosco soluzioni eleganti. Dal solution explorer potresti fare tasto destro -> Propriertà sul riferimento alla .dll e impostare "Copy Local" su false, come si vede in questa immagine.

Questo impedirà alla dll di essere copiata nella root del progetto compilato, ovvero in /bin/Debug. A questo punto, però, dobbiamo fare in modo che la dll finisca nella sottodirectory che vuoi tu. Sempre dal solution explorer, creati una cartella chiamata come vuoi tu (es. libs) e poi tasto destro -> Add Existing Item e vai ad aggiungere in essa i file .dll uno ad uno. Fai tasto destro -> Proprietà sui file che hai appena aggiunto e imposta "Build Action" su "Content" e "Copy to output directory" su "Copy if newer", come vedi in questa immagine: https://i.stack.imgur.com/z18at.png

Compilando, vedrai che le .dll finiranno in bin/Debug/libs.

A questo punto, devi dire al .NET Framework che deve cercare gli assembly anche nella sottodirectory libs.
Per farlo, aggiungi un nodo <probing> al tuo file .config (app.config o web.config) come vedi nell'esempio a fondo di questa pagina.
https://docs.microsoft.com/en-us/dotnet/framework/configure-apps/file-schema/runtime/probing-element

Ciao,
Moreno

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Modificato da BrightSoul il 02 maggio 2018 20.42 -