Quando usi Include indichi una proprietà di navigazione di Order, che è l'entità che stiamo interrogando. Quindi quando scrivi context.Orders.Include(o => o.Customer) vai ad includere l'entità del cliente che ha inviato l'ordine.
ThenInclude invece lo puoi usare solo dopo aver fatto un Include e dovrai indicare una proprietà di navigazione dell'entità che hai appena incluso. Quindi, scrivendo context.Orders.Include(o => o.Customer).ThenInclude(c => c.Addresses), vai ad includere gli Indirizzi del Cliente, non dell'Ordine.
Prima di ThenInclude, si usava questa sintassi inutilmente complicata per includere entità annidate.