ciao,
penso che personalmente, anziché usare Membership API, cercherei di sfruttare ASP.NET Identity ed il suo supporto ai claims, che sono banalmente delle coppie chiave-valore di informazioni.
Per ogni utente, creerei un claim per ogni azienda a cui appartiene, in modo da porterci scrivere il ruolo ricoperto. Questi claims verrebbero poi cachati nel cookie di autenticazione, così che l'applicazione non debba poi andarseli a ripescare dal database ad ogni richiesta.
Quando l'utente invia una richiesta al sito, in base all'azienda che aveva selezionato in precedenza, andrei a leggermi il ruolo dal relativo claim e lo userei come ruolo effettivo per la richiesta corrente.
Trovi un esempio in questo articolo:
http://bitoftech.net/2015/03/31/asp-net-web-api-claims-authorization-with-asp-net-identity-2-1/
Guarda in particolare il paragrafo "Assigning claims to the user on the fly" e il punto in cui definisce il metodo RolesFromClaims, dove imposta appunto il ruolo al volo in base al valore di un claim.

Se lo reputi troppo elaborato o non puoi abbandonare Membership API, puoi sempre cachare tutto in una variabile Session, alla vecchia maniera.
Ricorda però che l'identità dell'utente è una cosa diversa dalla Session, che può sparire in qualsiasi momento (es. se l'utente chiude e riapre il browser).

ciao,
Moreno

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Modificato da BrightSoul il 28 febbraio 2016 12.45 -

Sì, quando l'utente cambia l'azienda dal menu a tendina puoi "sistemare" i suoi ruoli ma tieni presente che Roles API dovrà effettuare una connessione al database per recuperare i ruoli ad ogni richiesta di pagina.

Se vuoi evitare questo, puoi mettere l'elenco dei ruoli in cache nel cookie impostando cacheRolesInCookie="true" nel nodo system.web/roleManager del web.config.

Ora, che succede se cambi i ruoli dopo l'emissione del cookie? Il cookie viene aggiornato con i nuovi ruoli oppure no? Dalla documentazione si legge:

The cookie is dynamically updated to cache the most recently validated role names.

Per sicurezza fai un test per verificare che i ruoli cambino in accordo con l'azienda selezionata.

ciao,
Moreno