Ho risolto!!!!!!
ma sono curioso di avere qualche risposta, giusto per confronto.

Premetto che prima di scrivere ero già riuscito a creare l'installer, sempre con Windows Installer Xml (WIX), che mi creava la webapplication ma non sapevo come richiamare lo script per restorare o creare le tabelle nel db.

Riporto la soluzione sperando possa essere d'aiuto ad altri:

-scaricate Web Application Installer (http://wai.codeplex.com/)
-all'interno vi è un'ottima guida (in Inglese), basta seguirla per avere, in pochi minuti, un installer che provvede a configurare IIS con la nuova webapplication.

Prima di iniziare bisogna scaricare altri tool: WixEdit (http://wixedit.sourceforge.net/) e WiX Toolset (http://wixtoolset.org/), entrambi sono indicati nella guida.

Per personalizzare l'installer finale bisogna avere un minimo di conoscenze, specie del linguaggio xml. Tuttavia, come ho già detto, seguendo la guida si riuscirà a creare facilmente l'installer per creare la webapplication.

Per eseguire sript SQL, dopo aver scompattato Web Application Installer, andate nella directory: Web Application Template\Binary; all'interno troverete diversi file di immagini, licenza.rtf, icone, ecc... che saranno richiamati dall'installer. Tra questi c'è il file myAppSQL.sql.
Editatelo e incollate o scrivete la query da eseguire durante l'esecuzione del vostro installer!

Per aggiungere altre query, da Wix Edit:
1)Aggiungete il file da richiamare, cliccando su: Resource > tasto dx > Add New e digitate: SQLSCRIPT
Accanto dovete indicare il percorso e il nome del file completo

2)Richiamate il file aggiunto: andate in properties > tasto dx (nella parte centrale dello schermo) > add new > digitate: SQLSCRIPT; successivamente, accanto alla voce aggiunta, digitate il nome della query da richiamare (senza l'estensione)

Ciao

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Modificato da matteoct il 12 ottobre 2015 19.48 -