In genere i pdf risultato di una scansione sono poco comprimibili proprio perchè vengono gestiti come immagini e sono già compresse. Si può diminuire la qualità di scansione a monte oppure effettuando un operazione di OCR (sempre che sia solo testo) e poi salvando ciò che viene generato sempre come PDF. Nel primo caso, si deve procedere per tentativi diminuendo la risoluzione dei DTP della scansione fino ad ottenere un buon rapporto tra qualità di ciò che è stato acquisito e la dimensione del file. Nel secondo caso è più complesso, poichè l'OCR pur avendo fatto passi da gigante nel riconoscimento del testo presenta comunque errori e non sempre ciò è possibile da gestire. Non conosco la tipologia dei documenti da te gestiti ma ad esempio se si tratta di documenti legali tipo atti notarili l'applicazione di un OCR non è praticabile in quanto altera il contenuto del documento.

Scusa il ritardo ma sono stato fuori per il Capodanno.
Allora da quello che ho capito hai un certo numero di file che contengono stampe di appunti scritti a mano, quindi non puoi utilizzare l'OCR.
Io in genere in questi contesti non ho mai ottenuto grande giovamento da programmi di compressione per Pdf ma ovviamente ciò varia da caso a caso.
Puoi provare con qualche soluzione online oppure con qualche applicazione. Tramite google ho trovato alcuni articoli di Salvatore Aranzulla che trattano il tema della compressione dei pdf in cui si citano i seguenti programmi:
* SmallPdf (online sul sito smallpdf.com)
* Pdf Compressor (puoi scaricarlo gratuitamente da http://www.pdfcompressor.org/)
* Pdf Reducer esiste una versione free
* Pdfaid

Io in passato ne ho provati alcuni e la riduzione era troppo poco significativa a fronte del tempo impiegato per ottenerla, ma può essere che nel tuo caso funzionino.