Ciao, sono due approcci molto differenti.

In generale, i T4 sono utili quando gli oggetti sono quasi uguali, mentre AutoMapper, al di là dell'esempio che abbiamo visto, offre una maggiore flessibilità: potendo definire il mapping in maniera puntuale, ti consente di
* gestire oggetti anche molto differenti tra di loro
* supportare facilmente anche query LINQ to Entities
* inserire logica anche complessa nel mapping delle proprietà

Ovviamente tutto questo va al di fuori delle velleità di uno script, però se dai un'occhiata alla guida ufficiale che ho linkato, le potenzialità ti risulteranno subito chiare.

A presto,
m.