Ricapitoliamo: c'è il sistema di eccezioni del framework con la sua gerarchia e le tue classi che comunque dovranno ereditare da Exception o classi derivate.
Le tue eccezioni devono essere rilanciate con throw perché il Framewok non ne è a conoscenza e non potrebbe rilanciarle.
Il catch deve avvenire dalla più specifica alla più generica sia che si tratti di eccezioni del framework che di tue eccezioni (questo per intercettarle correttamente altrimenti si entra nel primo catch che soddisfa le condizioni)

Per questa affermazione lascio la parola agli esperti :)
Secondo me no. Le custom exception servono per le tue librerie: tu le crei, tu fai il throw, tu fai il catch. E dovrebbero servire per introdurre almeno un livello di personalizzazione rispetto a quelle base.
Il framework non può rilanciarle perché non le conosce. Bisognerebbe vedere se in qualche punto, ma dubito, il framework utilizza delle interfacce che possono essere implementate al posto dell'eccezione in sé ma sulla documentazione non ho mai letto di niente di simile.
Un post interessante che secondo me si avvicina molto a ciò che ti interessa è questo (scusate il link esterno):
http://stackoverflow.com/questions/7430723/why-doesnt-net-exceptions-work-against-an-interface-rather-than-a-base-class