ciao mic,
i commenti server side vengono ignorati dal compilatore e perciò vanno persi quando il tuo codice sorgente viene compilato in un assembly dll. Dovresti dunque pubblicare il tuo sito con l'apposita funzione di Visual Studio che prevede anche la compilazione dei sorgenti (o pre-compilazione, nel caso di un progetto di tipo 'Sito web').

Qui una guida.
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/aa983453%28v=vs.90%29.aspx

Dai file .js, invece, i commenti vengono rimossi durante la loro minificazione, un processo che rimuove sia i commenti che ogni spazio o carattere superfluo. Il file, dopo questo lavoro di "pulizia" assume una forma molto compatta, tanto che risulterà difficile riuscire a leggerne bene il contenuto, ma il suo peso ridotto è ideale per l'ambiente di produzione dato che l'utente dovrà scaricare un file più leggero.

Qui trovi una discussione che ti presenta alcune tecniche per ottenere file minificati.
http://stackoverflow.com/questions/4338570/minifying-and-combining-files-in-net

ciao,
Moreno