Secondo me hai due soluzioni per filtrare i dati:

1- rieseguire la query tenendo conto del filtro. E' la soluzione più semplice che richiede però che la query sia opportunamente configurata per funzionare sia in presenza che in assenza di filtri (vabbe questo in realtà non è niente di che)

2- eseguire il filtraggio direttamente sull'oggetto DataTable. So che esiste la funzione "select" che serve proprio a questo.