ciao,
se hai la possibilità di amministrare il server, potresti implementare il processo batch in un servizio Windows.
I servizi possono partire automaticamente all'avvio della macchina e, all'occorrenza, possono essere messi in pausa, fermati e riavviati dalla console di gestione che si apre al comando services.msc.
Tu puoi eseguire del codice in corrispondenza di ciascuna di quelle azioni gestendo gli eventi OnStart, OnPause, OnStop, OnContinue, OnShutdown. Questi ti permetteranno, come chiedevi, di gestire in maniera elegante l'avvio e l'arresto del processo.
Qui trovi elencati i passi per realizzare un servizio per windows.
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/zt39148a.aspx

Per il secondo punto, realizza un servizio WCF ospitato in IIS o all'interno del servizio Windows stesso.
Per decidere per l'una o l'altra strada, bisogna capire chi saranno gli utenti di quel servizio WCF. Se si tratta di altre applicazioni .NET ospitate su altre macchine della rete locale, puoi scegliere di ospitarlo nel servizio Windows.
Se invece si tratta di applicazioni web o se gli altri sviluppatori si sentono più a loro agio ad effettuare chiamate web, allora è preferibile che sia ospitato in IIS.
Ecco un articolo che parla delle opzioni per ospitare un servizio WCF.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb332338.aspx#msdnwcfhc_topic4


ciao

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Modificato da BrightSoul il 30 ottobre 2012 20.10 -