Ciao;
ti porto la mia esperienza con l'offuscazione di un'app Silverlight 4 LOB, com'è noto composta da almeno due assemblies (una dll per i servizi Web e un xap per la parte client). Faccio l'offuscazione del pacchetto in cui sono dichiarati i due assemblies e viene fatta l'offuscazione, separata, di entrambi (forse tenendo conto delle inter-relazioni). Il pacchetto msi costituito (anche) dai due assemblies, una volta scompattato, li ricostruisce com'erano all'origine, offuscati. Lo stesso son sicuro avvenga anche per due .exe
HTH. Saverio