Puoi utilizzare la funzione CHARINDEX per individuare la posizione di un carattere o di una stringa all'interno di un'altra stringa. Utilizzeremo questa funzione per individuare dove si trova la stringa "link_id=" che mi sembra di aver capito che sia la parte che precede il valore che vuoi cercare. Lo facciamo utilizzando questo script

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DECLARE @v varchar(300),
@start varchar (50)

SET @v = 'index.php?option=com_mtree&Itemid=129&link_id=63699&task=viewlink'
SET @start = 'link_id='

SELECT CHARINDEX(@start, @v)
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Tieni presente che questo ti da come risultato il punto di partenza della stringa "link_id=' e perciò dobbiamo correggere il risultato di cui sopra aggiungendo la lunghezza della stringa "link_id=" se vogliamo conoscere il punto di partenza di ciò che segue questa stringa; per farlo basta modificare l'ultima istruzione di cui sopra come segue

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SELECT CHARINDEX(@start, @v) + LEN(@start)
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Poichè non sappiamo dove finisce il codice che vuoi cercare (non sappiamo se sono sempre 5 caratteri) è indispensabile riutilizzare la funzione CHARINDEX per trovare anche la fine della stringa da cercare. Assumiamo che al codice numerico segua sempre il carattere "&" come nell'esempio che hai fatto e possiamo calcolare la posizione finale come segue

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DECLARE @v varchar(300),
@start varchar (50),
@end varchar(50)

SET @v = 'index.php?option=com_mtree&Itemid=129&link_id=63699&task=viewlink'
SET @start = 'link_id='
SET @end = '&'

SELECT CHARINDEX(@end, @v, CHARINDEX(@start, @v) + LEN(@start))
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Come vedi stavolta ho utilizzato la funzione CHARINDEX con un parametro in più. Con il terzo parametro indico che non voglio analizzare la stringa dall'inizio ma a partire da una posizione specifica. Fatto questo abbiamo tutti gli elementi che ci servono (dove inizia e dove termina la stringa che ci interessa) e possiamo mettere insieme le info trovate attraverso il codice che segue

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DECLARE @v varchar(300),
@start varchar (50),
@end varchar(50)

SET @v = 'index.php?option=com_mtree&Itemid=129&link_id=63699&task=viewlink'
SET @start = 'link_id='
SET @end = '&'

SELECT SUBSTRING(@v, CHARINDEX(@start, @v) + LEN(@start), CHARINDEX(@end, @v, CHARINDEX(@start, @v)) - (CHARINDEX(@start, @v) + LEN(@start)))
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Al di la della apparente difficoltà dell'istruzione di cui sopra sono state utilizzate esclusivamente 2 funzioni di tipo stringa di cui puoi trovare info a partire da questa pagina del BOL

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms181984.aspx

Bye

Nel mio esempio ho utilizzato delle variabili per semplicità di esposizione e affinchè tu possa provare immediatamente il codice che ti ho dato. Se prendi soltanto la select finale e sostituisci alle variabili i nomi dei campi e le costanti che vuoi includere fai tutto con una singola query. Se il campo che vuoi analizzare è in una colonna definita "url" la query può essere simile a

SELECT SUBSTRING(url, CHARINDEX('link_id=', url) + LEN('link_id='), CHARINDEX('&', url, CHARINDEX('link_id=', url)) - (CHARINDEX('link_id=', url) + LEN('link_id=')))
FROM tabella
WHERE condizione
ORDER BY quello_che_vuoi

Altrettatno ovviamente puoi semplificare l'istruzione sostitendo alcune parti con dei valori fissi. Mi riferisco a tutte le occorrenze dove trovi LEN('link_id=') che, se la stringa da analizzare è sempre quella la sua lunghezza la conosci a priori.
LE funzioni SUBSTRING, CHARINDEX e LEN sono funzioni Transact-SQL, ovvero proprietarie del dialetto SQL utilizzato da SQL Server. Se non è questo il dbms che utilizzi dovrai tradurre il tutto nelle funzioni analoghe messe a disposizione dal dbms che usi.

Bye