Ciao, non andare a prelevare i file dal server ma apri il tuo progetto con Visual Studio e poi usa il comando Publish (Pubblica) che trovi nel menu Build (Compila). Questo articolo ti guiderà passo-passo nella pubblicazione del progetto.
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/aa983453.aspx

Per "pubblicazione" si intende la compilazione di tutte le classi del progetto in un assembly .dll che verrà copiato nella sottocartella /bin.
La pubblicazione ti consente di scegliere una cartella di destinazione in cui Visual Studio inserirà solo i file necessari (il già menzionato assembly ma NESSUN .aspx.designer.cs, dato che questo tipo di file viene compilato nell'assembly). La destinazione può anche essere una cartella FTP, quindi Visual Studio ti consente di inviare il progetto direttamente al server.

ciao