Domanda mal formulata. Equivarrebbe a dire "meglio andare in macchina al lavoro o andare al lavoro?" :)

JQuery è una libreria che, tra le altre cose, espone funzionalità per effettuare chiamate ajax.
Se nel progetto usi già JQuery, la scelta ricadrebbe su jquery, altrimenti occorrerebbe aggiungere una dipendenza e non sempre è possibile farlo/c'è già altro.

Comunque io voto per l'uso di jquery, è molto comodo.

Ma per Ajax intendi "microsoft ajax library"? scusa, mi ero smarrito.

Personalmente continuo a preferire jquery. Lo trovo più pulito, lineare e semplice da imparare. Inoltre è pieno zeppo di plugin (anche se ho avuto problemi di compatibilità) e in rete trovi moltissime pagine dedicate a questo framework.
MS Ajax porta insieme Ajax control toolkit che include un gran numero di controlli pronti da includere nelle pagine in modo molto semplice, anche tramite VS2010 senza scrivere una linea di codice.

Non credo esista un "migliore" senza sapere lo scopo che devi raggiungere.
Se invece mi stai chiedendo cosa studiare non sapendo niente di entrambi ti suggerirei prima di "giocare" un po' con MS Ajax per vedere cosa può fare, e poi studiare JQuery.

"JQuery in Action" a me è piaciuto, però non so ce c'è in italiano (non leggo libri in italiano, sorry).