Ciao, non credo che sia possibile. Il controllo FileUpload genera nel clienti un campo <input type="file" e questo tipo di elemento non ha un attributo apposito per impostare il percorso della cartella di partenza.

Qui trovi gli attributi dei campi input. L'unica cosa che puoi fare è indicare un filtro grazie all'attributo "accept" che ti consente di richiedere il caricamento dei soli file con una certa estensione.
http://www.w3schools.com/html5/tag_input.asp

ciao,