dipende come sono configurate le tue app e cosa intendi per loggato. il riciclo dell'application pool ha effetto su:
- session di ASP/ASP.NET
- cache di ASP.NET
- compilazione di ASP.NET

riciclare ha quanto meno l'effetto di far ricompilare, se parliamo di ASP.NET, la tua app. se è ASP, l'effetto è quello di eliminare la session e quindi, se proteggi in questo modo l'accesso, di eliminare anche l'autenticazione dell'utente. è per questo motivo che non andrebbe mai usato session per il ticket di login.
ad ogni modo, se sei più preciso posso cercare di esserlo anche io