Premetto che parlo in veste di utente appassionato di oggetti tecnologici, che non si occupa di queste cose per lavoro per ma per passione da un paio di decenni almeno. Confesso infatti di possedere un po' di tutto, iPhone, iPad, Android, PC, notebook e netbook Windows, Ubuntu.
Il web non è morto, al contrario, il web è in esplosione esponenziale. L'autore dell'articolo di wired confonde erroneamente il web con il browser tradizionale, mentre al giorno d'oggi il fermento e l'attività sta principalmente nei backend, i server stessi che danno un senso a tutte quelle app che cita.
Le app hanno una loro ragion d'essere, perchè su un dispositivo mobile in cui il browser tradizionale diventa quasi inusabile, permettono all'utente una innegabile piacevolezza ed efficacia di uso. E' bastato condire il tutto con un metodo per svilupparne sono una versione (vedi iPhone mono-hw e la dalvik-VM di Android) e un metodo semplicissimo di monetizzare lo sviluppo, ed ecco che tutti guadagnano dal fare e usare apps.
Per iPhone e similari una delle ragioni del successo è che bene o male tutti devono avere un telefono, tutti devono portarlo sempre con sé (e quindi usarlo) ed è in un certo qual modo uno status symbol come l'orologio o l'auto. L'iPad è un oggetto del tutto diverso, non è qualcosa da sfoggiare quotidianamente per strada o tra amici, è un oggetto che rende molto più gradevole la fruizione di contenuti multimediali. Lo uso tantissimo ogni giorno, per accedere rapidamente al web o alla posta o a filmati vari, perchè non devo alzarmi dal divano ed è pronto immediatamente (il boot non esiste). Non è assolutamente uno strumento con cui lavorare, l'entry di testo è impraticabile, il limite della singola applicazione attiva impedisce ad esempio di tenere aperto un documento e un browser. Il supporto a HTML5+JS è limitato, ebbene si, il tanto urlato supporto a HTML5 a mio parere è la più grande menzogna mai detta: uno spreadsheet google aperto in iPad è lentissimo e porta al crash, google Wave non lo apre proprio, pagine che usano pesantemente HTML5+JS hanno frequenti malfunzionamenti sui dispositivi mobili.
Detto questo io pronostico che le app rimarranno come realtà privilegiata per dispositivi estremamente mobili, laddove per ragioni esclusivamente ergonomiche non c'è modo di avere schermi grandi e sistemi di input complessi. Una alternativa potrebbe essere la nascita di siti web specifici per dispositivi mobili, che si presentino esattamente come le app, ma questi non portano monetizzazione al contrario delle app.
Per tutto il resto il browser rimarrà a farla da padrone, però come dice Daniele, servirà uno vero standard riconosciuto e supportato. Sempre che i grandi di adesso lo permettano (si veda la diatriba del codec video di HTML5).