Ciao,
la differenza è sottile. Entrambe invocano il callback sul thread pool. System.Threading.Timer permette di dare un tempo iniziale e poi un intervallo regolare o di variare poi i tempi.
System.Timers.Timer invece è più comodo da usare, lo preferisco, ha l'evento, puoi usarlo da designer, ti permette di invocare l'evento su un SynchronizationContext (ad esempio wpf, winform, ecc) e puoi scegliere o meno l'AutoReset, cioè di far ripartire subito il conto. Nel primo invece l'autoReset è sempre attivo: appena parte il callback, anche se questo non ha ancora finito, il conto ricomincia