salve,
il problema che riscontri e' "ovvio" visto l'errato utilizzo che hai fatto per l'estrazione dei duplicati..
ti conviene ottenere un "raggruppamento" per la colonna duplicata e, visto che hai una colonna [Id] utilizzare questa come discriminante per mantenere (ad esempio) il minore di questi id per ogni duplicato..
tipicamente

SET NOCOUNT ON;
USE tempdb;
GO
CREATE TABLE dbo.TestTB (
Id int NOT NULL IDENTITY,
Utente varchar(10)
);
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('a');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('b');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('c');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('a');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('c');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('d');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('e');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('f');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('g');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('a');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('g');
INSERT INTO dbo.TestTB VALUES ('g');
GO
SELECT * FROM dbo.TestTB;

DELETE FROM dbo.TestTB
WHERE Id NOT IN (
SELECT MIN(Id)
FROM dbo.TestTB
GROUP BY Utente);

SELECT * FROM dbo.TestTB;
GO
DROP TABLE dbo.TestTB;
--<------
Id Utente
----------- ----------
1 a
2 b
3 c
4 a
5 c
6 d
7 e
8 f
9 g
10 a
11 g
12 g

Id Utente
----------- ----------
1 a
2 b
3 c
6 d
7 e
8 f
9 g


saluti