Ti rispondo semplicemente:

1) vi sono molti benefici in senso assoluto.
Ma bisogna vedere se ne hai bisogno.
E' come passare da una panda ad una ferrari...ma si continua a fare 100mt al giorno per andare in ufficio...
Con un database server (come mysql o Ms) hai una serie di benefici che vanno dalle performance ai back-up alle connessioni concorrenti etc...
con access hai un solo file da amministrare...che comincia a dare dei segni di debolezza quando diventa troppo grosso o hai troppi utenti che si connettono contemporaneamente.
Poi puoi fare anche scelte che prevedono situazioni: se prevedi di ingrandire il tuo sito e prevedi che a breve aumenterai i tuoi visitatori...beh cominciare subito con una buona base di sicuro aiuta.
Figurati se tra un paio di mesi devi ricontrollare tutto e riscrivere alcune parti per adattarti al nuovo database...meglio farlo da subito.

2) gli svantaggi si ritrovano nel complicarsi di un poco la vita: non hai più un file di access ma hai un applicativo server complesso da amministrare e configurare (nel tuo caso, viene tutto gestito da aruba e quindi puoi fregartene).
All'atto pratico direi che è un poco più complicato perchè con access (se non è enorme) ti modifichi le query tabelle etc.. in locale e poi uploadi.
In mySQL o SQL devi utilizzare un pannello di controllo via web fornito da aruba che non offre la creazione di query in modalità visuale ma devi conoscerne il linguaggio (sql e il dialetto del database in questione)

Diciamo che sono due mondi differenti, quindi il vero svantaggio sta nel studiarsi qualcosina in più.

3) Le modifiche di sicuro sono di 2 tipi:
- adattamento query al "dialetto" del database nuovo
- cambio dello string-provider
- alcune impostazioni/limitazioni in caso di mysql

Parlando di mysql: vi sono svariati strumenti per fare il porting da access a mysql...io sinceramente uso sqlyog che ho comprato e mi trovo molto bene.
Per le query cambiano svariate cose tra le quali i caratteri speciali.
Vedi per esempio l'inserimento di date:
sotto access devi dichiararle sempre con # invece sotto mysql la sintassi è rigida: 'anno/mese/giorno'.
MySQL non supporta i valori vero o falso...a tal proposito puoi usare un tipo TinyInt dove 1 è vero e 0 è falso...oppure un enum e via dicendo.
Alcune versioni (precedenti la 4.1) non supportano le subquery...alcune funzioni non funzionano perfettamente etc...quindi anche la versione di MySQL ha la sua importanza.
MySQL non supporta i bookmarck quindi non puoi clonare recorset...non puoi neanche utilizzare funzionalità server-side come l'absolutePage etc... insomma ha delle "limitazioni" (che possono essere facilmente aggirate con soluzioni differenti...anche piuttosto performanti).

Per SQL server non so cosa dirti perchè non lo uso da un sacco.