Ciao Alex,

il file di testo è sequenziale. Questo significa che va letto o modificato sequenzialmente.

Nel tuo caso credo che non ci possa essere soluzione diversa da quella di:
1) leggere il file
2) se la riga ha determinate caratteristiche (è quella che vuoi elimnare) non la scrivi in una variabile o file; altrimenti la inserisci.
3) cancelli il file "vecchio"
4) rinomini il file creato (nome="vecchiofile").

Questo significa creare un nuovo file e poi rinominarlo (sostituendolo al precedente), oppure scrivere tutto in un array e poi riscrivere completamente il file.

saluti
Lucio