Le master pages sono fuorvianti perché esse non sono l'elemento principale. Sono uno usercontrol che viene caricato in fase di preinit e che si posizionano come controllo principale.
Quello che fa capo sono ancora le Page o pagine Content e l'evento PreInit è scatenato prima di caricare i temi. Successivamente ad essi viene caricata la master page. Quindi è troppo tardi.
Fai una classe Page base dalla quale tutte le tue Content page ereditano e che ha nell preinit il codice di inizializzazione del tema. Puoi impostare anche a livello di web.config l'attributo PageBaseType per indicare una Page di default base per tutte