Ciao,
per fare quello che dici la cosa migliore (e anche la più sicura dal punto di vista dell'architettura) sarebbe che il WebService operasse solo da "passacarte".

Mi spiego meglio, l'ideale sarebbe avere un oggetto di business (per esempio un serviced component .net) registrato sul server dove vuoi scrivere.

A questo punto il WebService non fa altro che istanziare l'oggeto COM sul server e dirgli "Scrivi il File" e l'oggetto esegue.

In questo modo dovresti anche risolvere il tuo problema di autorizzazioni, in quanto la scrittura la farebbe un oggetto registrato direttamente sul server di destinazione che solitamente utilizza l'utente applicativo che dovrebbe avere le autorizzazioni per scrivere.

A presto

Stefano