non è del tutto vero perchè se usi php e mysql ti conviene usare linux e con linux usi il crond che è un demone che ogni lasso di tempo esegue un'istruzione inserita secondo una certa sintassi tramite il comando crontab -e (in locale)
in rete puoi benissimo fare uno script bin/bash che ti faccia le stesse operazioni sfruttando il server
pero' phpmyadmin non è sicuramente la scelta migliore, infatti è molto pesante naturalmente per evitare in parte il timeout basta dichiarare le tabelle di tipo myisam e non innodb o altri.
in + tramite php è possibile fare un backup tramite le funzioni:

mysql_list_tables (elenco delle tabelle)

select dell'elecno delle tabelle

memorizzi tutto in un file

in asp è la stessa cosa a parte la lista delle tabelle perchè usi un'altra funzione che pero' puoi sostituire all'elenco delle tabelle che gia' sai (penso)

il tutto lo fai andare con uno script ch gira in background temporizzato o che fa un backup ogni 100 operazioni nel database

Ciao,
no, purtroppo l'ho perso ma non fa nulla, dovresti comunque usare il comando "ufficiale" mysqldump. Infatti, ha una flag -h (o --host) che ti permette di collegarti ad un db remoto.
Ecco un esempio:
http://stackoverflow.com/questions/15893176/mysqldump-to-local-machine-from-remote-server-connected-via-ssh

Puoi ottenere mysqldump usando l'installer per Windows (se hai necessità di lanciarlo da una operazione pianificata di Windows).
https://dev.mysql.com/downloads/installer/

ciao,
Moreno