Faccio una precisazione che forse ti chiarirà un po' di dubbi: quando un file xml viene caricato in un parser DOM, in memoria si crea una copia della struttura xml, quindi "scollegata" rispetto al file. Tutte le modifiche che fai (aggiungere, togliere, modificare nodi, attributi, dichiarazioni, ecc.) avvengono *in memoria* e finché non richiami il metodo save il file xml non viene aggiornato.

1A - Per appendere un nodo devi usare il metodo appendChild
1B - Semplicemente, all'interno del ciclo, metti un if quindi, se la condizione è rispettata, invochi appendChild
2 - "objNode2.firstChild.nodevalue" è una sintassi standard (riconosciuta da tutti i parser, in accordo con le specifiche del W3C), mentre la proprietà "text" è un'estensione di Microsoft. In pratica MS ha introdotto una scorciatoia per fare una delle operazioni più comuni: recuperare il valore del testo contenuto in un nodo. In realtà il testo dentro un nodo è un sottonodo (di tipo textnode) del nodo stesso, per cui ecco spiegata la sintassi "objNode2.firstChild.nodevalue". Va da sè che, usando quest'ultima sintassi, dovresti prima verificare l'esistenza del sottonodo prima di chiedere nodeValue (in teoria dovresti anche verificare che il nodeType corrisponda ad un textNode).
Considerazione personale: se usi un parser Microsoft e, ragionevolmente non cambierai strada nell'evoluzione dell'applicazione, puoi tranquillamente usare le estensioni di MS: ti semplificano la vita e non poco (penso ad esempio a selectSingleNode rispetto a selectNodes, con verifica degli elementi restituiti, quindi la selezione del primo nodo...)

Spero di aver fugato un po' dei tuoi dubbi.
Ciao!

E' proprio vero. Se ti può consolare (o stimolare a continuare la tua experience nel fantastico mondo della programmazione) ti assicuro che più apprendi e più diventa facile apprendere, quindi sarai in grado di capire cose sempre più complesse e nuove senza che nessuno te le spieghi.
In attesa... la community è qui proprio per questo!