Pop-Up? Puoi spiegarti meglio (magari con un esempio). Se non ho capito male stai confondendo un problema del client... attendo tue nuove.

Ciao,
Simone

Allora, riepilogando:
l'upload ti funziona se fatto nella stessa finestra ma non ti funziona se fatto da un popup?

Da quello che mi dici sembrerebbe un problema javascript, piu' che ASP. A questo punto una domanda nasce spontanea non e' che con il metodo javascript "open" vai a chiamare un dominio differente da quello della pagina chiamante e contemporaneamente cerchi di accedere a delle variabili contenute nella pagina chiamante?
Mi spiego:
La pagina A, che sta nel dominio "www.dominio.it" contiene il javascript che va a richiamare la pagina B che si trova nel dominio "www.cippolippo.com". Dalla pagina B cerchi di accedere a delle variabili contenute nella pagina A. Questo non e' ammissibile e l'errore che otterresti e' proprio "Autorizzazione negata".

Un'altra ipotesi potrebbe essere che la pagina B viene caricata, in IIS, in un contesto differente da quella che ti aspetti (ad esempio l'utente NT di quel contesto non ha i diritti necessari per scrivere i file generati dall'Uploader).

Scusami se non ho ancora ben inquadrato il tuo problema, ma non ho ancora ben chiara la situazione.

Ciao, fammi sapere.
Simone