Beh vedo che sei alle prime armi con IIS, cerco di darti un aiutino.

WWWRoot è la cartella di default ma nulla vieta di avere i siti in cartelle differenti (anzi io te lo consiglio, meglio cambiare i default settings ;) ).
Ad esempio se usi la seconda partizione del tuo HD o un altro hd, puoi crearti una cartella con il nome del sito per trovarlo facilmente, poi ti basta entrare nella configurazioen di IIS creare un nuovo sito oppure editare il Default dicendo che il tuo sito si trova nel folder specifico.
Ricordati che ASP deve avere permessi di esecuzione particolari, non so che IIS usi il 5 o il 6... ci sono da settare alcune cosette.
Se hai iis5 ti suggerisco di scaricarti il Microsoft Baseline Security Analyzer per mettere in sicurezza il tuo web server.

ciao
Exp