Gli "a capo" ci sono comunque, tranquillo. Piuttosto la sintassi di sostituzione degli "a capo" con il tag che l'html mostra come "a capo" è diversa.
Non conosco tanto jscript, ma credo che ci sia il metodo replace per le stringhe. Devi solo sostituire "\n" con "<br/>\n" (il \n ti consiglio di tenerlo per una migliore leggibilità del codice in output).