Ciao,
la differenza è semplice:

il tag <%= %> scrive il valore di una variabile mentre
<% ... %> esegue il codice.

ad esempio se voglio stampare la variabile Valore nei due casi scriverò:
<%= Valore %> oppure <% Response.Write(Valore) %>.
E' chiaro che in questo caso è più comoda la prima notazione.
Se invece hai una routine che fa dei cicli o richiama funzioni, puoi usare solo <% %>

Ciao