mm, ho appena provato e a me funziona. Ho aggiunto all'esempio di pagina1.htm questo codice

<input type="button" onclick="window.close()" value="chiudi"/>

Allora, il problema è nell'architettura nel controllo. Siccome l'articolo era sulla creazione di un controllo ho limitato le sue potenzialità. Purtroppo per fare quello che chiedi te occorre scrivere nel codice anche nella pagina popup.
Il problema è che se hai visto il codice, intercetto l'evento unload della finestra.
Questo evento parte anche quando effettui il submit della form o cambi pagina (non esiste un evento close della window) ed ecco spiegato perché parte l'evento nella pagina main.
La funzione che imposto tramite win.unloadFct e l'intercettazione dell'evento ad ogni cambio di pagina viene persa, ed ecco spiegato perché funziona solo se non hai scatenato postback.
Bisognerebbe scrivere del codice nella pagina di popup che, preleva la funzione da window.opener (riferimento che non si perde) e che si auto intercetta all'evento unload. Inoltre va inibita questa funzione se viene effettuato un postback. Questo si ottiene sostituiendosi al metodo submit() della form e andando a ridefinire l'evento onsubmit.
Insomma non è semplice effettuare un controllo così potente e trasparente a chi sviluppa su main e popup