ho una soluzione semplice, ma potrebbe essere poco performante se le tabelle sono troppo grosse.

select id as id_orfano
from tabbella_con_orfani
where id not in (
select id from tabella_collegata
)

si tratta di una query con quey innestata. Nella query più interna estraggo tutti i valori chiave, e in quella esterna estraggo tutte le chiavi che non sono contenute nel risultato precedente.

Se sui campi chiave che hai usato per la relazione ci sono degli indici (come penso) dovrebbe comunque essere abbastanza performante anche con migliaia di record.

ciao
Emanuele