NON riesco a togliere il link fondo pagina nelle
stampe, che è una bruttura se si tratta di documenti.
C'è una istruzione di style html che parte al caricamento della
pagina con uno script Vb... ma quale?!

utilizzo IE,
apro un pop-up con uno script di stampa
attivato al caricamento della pagina.
Cerco di dare un minimo di decenza ai formati.

le ho potute toglierle solo modificandole sul computer client

già, infatti, non puoi impostarle da codice... per lo meno non ancora.
I fogli di stile ti lasciano definire sia i margini che intestazione e piè di pagina ma il browser IE ignora queste impostazioni.
Se usassi Opera, invece, avresti più fortuna perchè sono istruzioni supportate.

Non credo ci sia nient'altro da fare che avvertire l'utente di impostare i margini in un certo modo, prima di procedere alla stampa.
ciao.