puoi mettere le tue funzioni in una classe dentro una dll activex (codice compilato).
Dovrai poi registrarla sul server con regsvr32 e usare le tue funzioni così:

dim oggetto
set oggetto = Server.CreateObject("Nomeprogetto.nomeclasse")
Response.write oggetto.generaOutputdiPagina()

dove .generaOutputdiPagina è un tuo metodo che restituisce una stringa.
Questo codice è compilato, per cui non si può estrapolare...

si, esiste uno scriptdecoder che ti decifra il tutto.
se hai accesso al server, crea una dll e registrala mi sa che è il modo migliore per proteggerti

=Oppure=

ancora meglio, fai il tuo sito in asp.net. Grazie al codebehind puoi compilare facilmente le tue classi e usarle senza installare niente sul server. Fare il "passo in avanti" conviene molto...