con Internet Explorer non puoi "sovrascrivere" le impostazioni della finestra una volta che è stata aperta (eccezion fatta per le dimensioni).

Per cui con il semplice javascript non puoi cambiare a modalità fullscreen se la finestra era stata aperta con toolbar e quant'altro.
Per avere una finestra fullscreen devi crearla così da nuova:

window.open("pagina.asp","_blank","fullscreen=yes")

occhio che questo funzionerà solo per IE.
Se decidessi di provare con netscape, allora si, credo che anche col javascript riusciresti a togliere/aggiungere toolbar ecc... anche dopo la creazione della finestra.
ciao