Asp.net lavora sul lato server, javascript dal lato client. In questo caso .net non c'entra niente. Se vuoi far comparire una finestra all'esito di una iscrizione non devi far altro che restituire al client il codice javascript appropriato. Puoi usare un placeholder tra i tag head dove tenere lo script per poi farlo restituire quando vuoi oppure gestire lato server il body con runat="server" e aggiungere al momento appropriato la proprietà onLoad tramite nomebody.attributes.add("onLoad","open ecc")