In realta non si aggiunge javascript ad una partial view ma alla pagina Html in cui la partial verrà inserita.
Puoi anche inserire dei tag <script src=....> nella partial. Lo script verra inserito nella pagina in cui la partial è renderizzata.
Inconveniente di questa soluzione è che lo script verrà caricata nel mezzo del rendering della pagina poichè lo script non è collocato o all'inizio o alla fine dell'intera pagina Html mostrando all'utente una pagina renderizzata a metà.
ALtra soluzione è usare moduli AMD per caricare gli script in modo asincrono (senza che disturbino il rendering della pagina). Vedi qui: http://requirejs.org/http://requirejs.org/