se su IIS la seconda applicazione sta dentro la prima non credo ci siano problemi, se invece sono 2 siti diversi potresti fare questo tentativo:
crei 2 directory virtuali con i nomi delle due cartelle che puntano alla stessa directory sul server.
Non ho mai provato, quindi non è detto che funzioni.

se le tue applicazioni sono sotto lo stesso sito allora la cartella App_GlobalResources dovrebbe essere visibile da tutte e 2 le tue applicazioni, fai un test e vedi se è proprio così.
Per l'altra cartella, cioè App_LocalResources potresti creare nel tuo sito una directory virtuale con quel nome e fare lo stesso con le 2 applicazioni in modo che la directory virtuale punti sempre allo stesso percorso fisico.
Non ho mai provato a fare un cosa del genere, ma puoi fare un test e vedere se funziona

hai provato quello che ti ho scritto nel precedente post?

Salve, grazie alla guida segnalata da Daniele Bochicchio sono riuscito a mettere su un mio provider di risorse, però mi sono bloccato nel metodo IResourceProvider.ResourceReader che deve restituire il dizionario delle coppie chiave,valore lette dal file di risorsa.

Se non ho capito male, in questo metodo dovrei implementarmi la logica che carica dal file di risorsa le chiavi ed i relativi valori, o sbaglio ?

Qualora ciò fosse corretto, posso utilizzare l'implementazione di default, visto che faccio tutto questo solamente perchè voglio caricare i file da una posizione sul disco differente ?