La cosa più semplice è impostare il browser affinché non stampi le intestazioni di cui parlavi... La stessa cosa che hai fatto da codice scrivendo nel registro di configurazione.
Non puoi pensare di scrivere nel registro di configurazione dei navigatori :-) da remoto... sarebe una pacchia aggiungere la chiave magari /software/microsoft/windows/currentversion/run e dentro ci piazzi una bella chiamata magari a netcat e lo metti in ascolto su quale porta :-D (storie d'altri tempi).
Tuttavia puoi fare un paio di cose molto semplici: puoi istruire gli utilizzatori del programma ad impostare correttamente il browser per la stampa o puoi creare un file .reg con le impostazioni che hai modificato da codice e far accodare le info al registro direttamente all'utente... salvi in un cookie l'impostazione e se l'utente non l'ha mai eseguita gli piazzi un popup con link al file .reg ...tuttavia sono soluzioni invasive che non adotterei personalmente.
La cosa più pulita sarebbe generare report .pdf