mm, il ws non risolve molto, anche perché come lo fai il client? Una applicazione winform? allora fai un client (app win) che lavora con ftp.
D'altronde non c'è molta differenza tra, dare la possibilità di uplodare files a quantità a quella di dare un account ftp ad hoc.
Magari facendo un activex in dotnet, trovi degli articoli su msdn ma si hanno molte balle di security oltre che alla necessità di avere il framework (il cliente intendo)