Ciao Salvo,

con le Webform è stato semplice

Qualsiasi tecnica tu abbia usato, la puoi riportare anche in ASP.NET MVC. Infatti potresti crearti un'area in cui incolli (o linki) i file del progetto AdminSite.

In alternativa, tieni presente che per ogni sito IIS puoi creare varie applicazioni. In questo modo puoi avere un'applicazione per il pubblico realizzata con ASP.NET MVC e un'altra applicazione per gli amministratori del sito realizzata con ASP.NET WebForms o anch'essa in ASP.NET MVC.
Questo lo puoi fare solo hai il controllo del server o se il tuo provider di hosting condiviso ti permette di creare applicazioni all'interno del sito IIS che ti mettono a disposizione.

Una soluzione più raffinata consiste nel creare un pacchetto NuGet in cui inserisci tutta la logica dell'AdminSite. Poi, dal progetto per il cliente, ti basterà referenziare tale pacchetto NuGet per avere tutta la funzionalità di backend senza dover duplicare file. Inoltre, dato che il pacchetti NuGet hanno una versione, avrai la libertà di fare aggiornamenti senza il rischio di rompere la compatibilità con progetti precedenti che sono già in produzione. Qui ci sono due articoli che ti mostrano come realizzare dei feed NuGet privati.
http://www.aspitalia.com/script/1264/Creare-Feed-NuGet-Privato.aspx
http://www.aspitalia.com/script/1263/Creare-Pubblicare-Pacchetto-NuGet-.NET-Standard.aspx

ciao,
Moreno