Perché non lo puoi usare? Prima di salvare la password applichi a questa la criptazuone e poi la confronti con quelle salvate in una tabella ad hoc. In questa devi salvare la salt e hash password ogni volta che cambi password

Microsoft.AspNet.Identity.CheckPassword(user, password in chiaro passata dall'utente) verifica se la password è quella salvata sul DB (PasswordHash)
Questo è il metodo in fase di login.
A te serve qualcosa di piu articolato, il seguente...
Se l'utente cambia o è obbligato a sistema a cambiare password per verificare che non stia inserendo la stessa ti serve di salvare le password dalla prima all'ultima una nuova tabella (Password_History) da gestire magari in applicationContext (immagino tu voglia utilizzare EF Code Fisrt)
Password_Hystory:
Id Sequence bigint
Username FK => aspnet_users identity (è univoco)
PasswordHash quella generata dal sistema

Filtrando quindi le password per username, quando questo cambia la propria otterrò dalla tabella Password_History un set di password hashed. Utilizza quindi PasswordHasher.VerifyHashedPassword, quindi
foearch(Password_History p in db.Password_History.Where(f=> f.Username == username)
{
if(PasswordHasher.VerifyHashedPassword(p.PasswordHash, newPasswordInChiaroPassatadallutenteincelladitesto))
password già usata
}
scritto un po da cani ma spero sia chiaro il succo
F.