Nella cartella bin vengono inserite tutte le dll necessarie al progetto per essere eseguito, questo per favorirne la pubblicazione in primo luogo, evitando i classici problemi "sulla mia macchina funziona, sul server no" magari dovuti proprio al fatto che sul server si pensava ci fosse una dll.
Ma pubblicare le dll è importantissimo per una questione di versionig, in questo modo ogni appicazione puo scegliere la versione di EntityFramework (ad esempio) in base alle sue esigenze.

Questo concetto si è esteso in .NETCore dove si può pubblicare anche il runtime insieme al progetto in modo che l'unica cosa che deve fare il server è lanciare l'applicazione.