Secondo me non è il modo corretto di operare e la cosa non si adatta a un ORM. Quella che tu descrivi è un'operazione di update.
Non entro nello specifico di quello che stai facendo ma l'orm mantiene in memoria gli oggetti per chiave e IMHO non è intelligente da capire l'operazione che stai effettuando.
Dato che sei in un ciclo immagino che si tratti di molti record e quindi escludi la soluzione di update, quindi ti consiglierei di non recuperare le chiavi (può darsi che il modo esista ma passerebbe dal cambio dello stato dell'entità e non solo da delete + add)