Ciao,
probabilmente è lo stesso MySql che chiude forzatamente la connessione dopo un certo tempo di attesa.
Questo tempo è regolato dalla variabile MySql "wait_timeout", che trovi probabilmente nel file di configurazione my.ini.

Comunque, sono convinto che non dovresti cambiare la configurazione di MySql. Un minuto di inattività è un tempo lungo per una connessione ed è comprensibile che MySql voglia chiuderla.

Penso che dovresti modificare il codice della tua pagina asp ed aprire la connessione al database solo DOPO che l'upload si è concluso.

Dov'è nel codice, esattamente, che apri la connessione a MySql?

Ok, dunque sposta l'include DOPO le righe di codice dell'upload. In questo modo la connessione resterà aperta solo per il breve tempo necessario.

ciao