Puoi fare qualcosina, facendo che ti chiama può essere solo un certo assembly firmato (vedi
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ie/dd984947.aspx) ma non vai molto lontano. Se metti sul server del cliente è tutto aggirabile. Te la può decompilare, rifirmare, disabilitare il controllo di firma. Tutto...
Se il tuo intento è impedire l'uso della dll diretto perché non vuoi che acceda ai dati del db, allora fai che la dll sia sicura già per suo conto, perché non è il sito web che la rende tale.