Continuo la risposta, scusa ma ho inizialmente risposto da WP7 e non avevo a portata di mano il codice.
<bindings>
<basicHttpBinding>
<binding name="bhbMyService" closeTimeout="00:10:00" openTimeout="00:10:00" sendTimeout="00:10:00" maxBufferSize="2147483647" maxBufferPoolSize="2147483647" maxReceivedMessageSize="2147483647" />
</basicHttpBinding>
</bindings>
<serviceHostingEnvironment aspNetCompatibilityEnabled="true" multipleSiteBindingsEnabled="true" />
<services>
<service name="MyApplication.Web.MyService">
<endpoint address="" binding="basicHttpBinding" bindingConfiguration="bhbMyService" contract="MyApplication.Web.MyService" />
<endpoint address="mex" binding="mexHttpBinding" contract="IMetadataExchange" />
</service>
</services>
Se configuri in questo modo il webconfig sfrutti il basicHttpBinding, non mi è ancora chiaro perché se crei un nuovo "svc", ti utilizza il custom. Non so se è il tuo caso. Spero ti possa aiutare.
PS: Ho aggiunto diversi tag ma che in realtà li devi mettere solo se necessiti di caratteristiche particolari, mi riferisco ai vari timeout e i vari buffer.