Il fatto che tu non riesca più a leggere la variabile da JQuery è dovuta al fatto che l'ID del controllo di ASP.NET può non essere quello che hai indicato nell'attributo del controllo. Se ad esempio questo TAG INPUT è posto in un user control, il suo ID viene modificato a runtime e lo puoi ricavare mediante la proprietà ClientID del controllo.
Puoi modificare il codice JS in questo modo:
<input id="alfa" class="display" type="hidden" />
var clientID = '<%= alfa.ClientID %>'
var str1 = $("#" + clientID).val();
Maggiori informazioni le puoi trovare qui:
http://jagregory.com/writings/how-to-use-clientids-in-javascript-without-the-ugliness/