Anche io ho avuto questo problema.
Se si usano i controlli jquery dentro un updata panel, bisogna passare per l'evento load di Ajax.
Vorrei una conferma...io se metto gli script js nell'head non mi funzionano, se li metto nello scriptmanager funzionano ??? Perchè ?
Es.
<asp:ScriptManager ID="ScriptManager1" runat="server">
<Scripts>
<asp:ScriptReference Path="~/js/jquery-1.7.1.min.js" />
<asp:ScriptReference Path="~/js/jquery.blockUI.js" />
<asp:ScriptReference Path="~/js/blockUIOnAllAjaxRequests.js" />
<asp:ScriptReference Path="~/js/jquery-ui-1.8.17.custom.min.js" />
<asp:ScriptReference Path="~/js/jquery.ui.datepicker-it.js" />
</Scripts>
</asp:ScriptManager>